Afatet e regjistrimit për programet e ciklit të dytë janë: datat 27.10.2016-28.10.2016 ora 08:00-16:00, datat 29.10.2016-30.10.2016 ora 08:00-14:00 dhe data 31.10.2016 ora 08:00-12:00. Pas përfundimit të fazës së parë të regjistrimit, për programet e masterave që kanë kuota të lira do të shpallen fituesit e fazës së dytë në datë 31.10.2016 në orën 16:00, të cilët do të regjistrohen në datat 1-2 Nëntor 2016, në rast të kuotave të lira sërisht do të ketë fazë regjistrimi në vazhdim.