Programet e studimeve të doktoratës janë programe të studimeve të ciklit të tretë, me karakter plotësisht akademik, që kanë në bazë hulumtimin shkencor dhe veprimtarinë krijuese. Studimet e doktoratës përfshijnë studimet e organizuara teorike (60 kredite ECTS) dhe përgatitjen e disertacionit. Në përfundim të programit të studimeve të doktoratës lëshohet diploma për gradën shkencore “Doktor” (Dr).
Fokusi i studimeve në nivelin e tretë është kërkimi shkencor i cili ofrohet në atë masë sa kërkohet dhe në praktikë. Grada e doktorit synon ta përgatisë specialistin e filozofisë të funksionojë në mënyrë të pavarur si kërkues shkencor, të thellojë dhe të zgjerojë dijet filozofike në një fushë të vecantë të filozofisë.
Programi i studimeve të doktoratës është ndërtuar në varësi të faktit se ku do të punësohet doktori ardhshëm i shencave filozofike. Ai do të jetë punonjës shkencor, drejtues publik, hartues programesh e strategjish, këshilltar, drejtues i organizmave të shoqërisë civile etj.Programi i Studimeve Doktorale është miratuar me urdhër të Ministrit të Arsimit dhe të Shkencë (MASH), nr. Nr.567, datë 23.11.2011.
Realizimi i këtij programi studimor ka filluar gjatë vitit akademik 2012-2013, sipas propozimit të miratuar dhe “Rregullores për Organizimin e Programeve të Studimit të Doktoratave”, të Universitetit të Tiranës.